A estrutura organizacional da ANPAE é constituída pelos seguintes órgãos de deliberação: Assembléia Geral, Conselho Deliberativo, Conselho Fiscal, Presidência e Seções e Coordenações Estaduais.
A Assembléia Geral, presidida pelo presidente da ANPAE, é o órgão máximo de deliberação da entidade, desenvolvendo sua ação coletiva em reuniões ordinárias e extraordinárias, presenciais ou virtuais.
O Conselho Deliberativo, que se reporta à Assembléia Geral, é o órgão colegiado de representação nacional e deliberação superior, integrado pelos seguintes associados no gozo de seus direitos: presidente da ANPAE, que o preside; presidente da ANPAE na gestão anterior; vice-presidentes; diretor executivo; e diretores titulares das Seções Estaduais.
O Conselho Fiscal, que goza de autonomia e independência em relação às demais instâncias administrativas, é o órgão técnico de acompanhamento e avaliação do desempenho financeiro e contábil da Associação, constituído de três conselheiros titulares e até três suplentes de conselheiro.
A Presidência é o órgão executivo superior da ANPAE, respondendo pela sua administração e representando-a oficialmente, constituído de um presidente, cinco vice-presidentes, um diretor executivo, um diretor financeiro e diretores de programas, estes em número variável e compatível com as atividades do Plano Estratégico de cada gestão.
As Seções e Coordenações Estaduais são órgãos descentralizados da ANPAE, constituindo-se em lócus de mobilização do processo associativo local e de coordenação das atividades promovidas pela ANPAE no respectivo Estado ou Distrito Federal.
A organização da ANPAE se pauta pelos princípios e práticas da democracia representativa e participativa, ensejando garantir a mais ampla participação e representatividade dos associados nos órgãos constitutivos da Associação. Nesse contexto, os cargos para os órgãos deliberativos da ANPAE são preenchidos em eleições gerais a cada dois anos. Os dirigentes das Coordenações Estaduais e os diretores da Presidência são nomeados pelo presidente, ouvido o Conselho Deliberativo.
Confira o Título III do Estatuto Social da ANPAE para informações adicionais sobre a organização e o funcionamento da Associação e sobre as responsabilidades de seus dirigentes.